تأسست جامعة الأحقاف بحضرموت – الجمهورية اليمنية بموجب القرار الوزاري رقم (5) لعام 1994م والصادر بتاريخ 27 شعبان 1414هـ الموافق 8 فبراير 1994م . وتمارس الجامعة من خلاله أعمالها الأكاديمية الفنية والإدارية والمالية وفقاً لنظامها الأساسي ولوائحها الداخلية وطبقاً للأنظمة النافذة في البلاد.
بدأت الدراسة في الجامعة عام 1995م بافتتاح كلية العلوم التجارية وإدارة الأعمال وكلية الشريعة والقانون . وفي العام الجامعي 1997- 1998م تم افتتاح كلية الحاسوب و كلية البنات للتربية والعلوم الشرعية . وفي العام 2006-2007م تم افتتاح كلية الآداب والعلوم الإنسانية بقسم للغة الانجليزية وتخرجت أول دفعة من الجامعة في العام الجامعي
1998-1999م